HACCPには7原則12手順に従って進めることになりますが、大規模事業者やと畜場・食鳥処理場を対象にしているHACCPに基づく衛生管理は7手順7原則を行うことでHACCPに基づく衛生管理を行っているとみなされます。ここでは、7つの項目について解説します。原則1～7は、1：危害要因分析の実施・2：重要管理点（CCP）の決定・3：管理基準（CL）の設定・4：モニタリング方法の設定・5：改善措置の設定・6：検証方法の設定・7：記録と保存方法の設定です。危害要因分析の実施についてですが、HACPは食品衛生に著しく悪影響を与える危害要因をハザードと呼び、危害要因の分析はそれぞれの工程ごとに発生する可能性がある生物的・科学的・物理的、3つの危害要因を列挙するのが特徴です。

重要管理点（CCPの決定）については、原則1で分析を行ったハザードの中で、特に工程内で除去もしくは低減が求められる重要なポイントを決めるものです。管理基準（CL）の設定は、原則２で特定した重要管理点を適切に管理するための基準を設定、モニタリング方法の設定は、CCPが正しく管理が行われているのか適度なタイミングで確認そして記録する、改善措置の設定は、原則4の結果管理基準から逸脱している場合に適切な措置を講じる、検証方法の設定は、HACCPに準じた管理ができているか否かの検証を行い修正の必要性を検討そして記録と保存方法の設定では、記録に使う用紙や保存形態・保存期間などを決めます。